От истоков и почти до г.Черновцов река имеет горный характер. Ее берега легко деформируются, в связи с чем русло очень разветвленное. Ширина его колеблется от 50—70 до 150 м, а на разветвленных участках — 500—800 м. Глубина в межень не превышает 0,5—1,5 м при наибольших уровнях до 6 м. Течение очень быстрое — до 1—1,2 м/с, во время паводков достигает 4 м/с. Дно каменистое или галечниковое. Берега очень изрезанные, лесистые. Ниже Черновцов река выходит на равнину. На этом участке ее русло часто меняет свое направление. Скорость течения замедляется.

Правый приток Прута — река Черемош (длина — 80 км) — образуется в результате слияния вод Белого (50 км) и Черного Черемошей (37 км). Им свойственны быстрое течение, высокие скалистые берега и мелкие перекаты с каменистым дном. Этим характеризуется и другой правый приток Прута — река Рыбница длиной 54 км.

Почти все реки Прута имеют неустойчивый характер. Нередко там, где недавно было тихое, спокойное русло, все оказывается занесенным песком и галькой, а русло реки находит себе иной путь.

В бассейне Прута и его притоков на протяжении большей части года наблюдаются паводки, количество которых в зависимости от интенсивности выпадения дождей в летний период ежегодно достигает 10—15. Поэтому многие из старых русел обвалованы, берега укреплены.

В верхнем течении Прута и его притоков чаще всего встречаются форель, голавль, гольян, пескарь, быстрянка, щиповка, подкаменщик, несколько реже — лосось дунайский, подуст, усач, уклея, налим, очень редко — рыбец, голец, бычки, чоп. В среднем течении обитают голавль, гольян, подуст, пескарь, усач, уклея, рыбец, щиповка, чоп, реже — щука, жерех, быстрянка, голец, окунь и редко — плотва, язь, красноперка, густера, лещ, горчак, карп, сом, ерш, налим. В пойменных водоемах наиболее многочисленны щука, линь, пескарь, карась, карп, вьюн, окунь, меньше — плотва, язь, красноперка, голец и наиболее редки — гольян, уклея, лещ, горчак, ерш, колюшка.